Әмірлан Айдарбекұлы Құсайынов 1957 жылдың 25 қыркүйегінде Алматы қаласында дүниеге келген.
1979 жылы МИҚИ (Мәскеу) Өнеркәсіптік және азаматтық құрылыс факультетін инженер-құрылысшы мамандығы бойынша үздік бітірді. 1983 жылы ОҚКҒЗИ-де (Мәскеу) "Динамика мен сейсмотұрақтылықтың диссипативті жүйелерінің дискретті-континуальды модельдері" тақырыбында кандидаттық, ал 1994 жылы докторлық диссертациясын қорғады.
Еңбек жолын 1983 жылы Алматы сәулет-құрылыс институтында (АСҚИ) «Құрылыс механикасы» кафедрасының аға ғылыми қызметкері, ассистенті, доценті болып бастады.
1987-88, 1991, 1992 жылдары Беркли қаласындағы (АҚШ) Калифорния университетінде, Киото университетінде (Жапония), Цзилинь университетінде (Қытай) ғылыми тағылымдамадан өтті.
1994 жылдан бастап «Құрылыс механикасы» кафедрасының меңгерушісі, 1997 жылдан бастап ҚазБСҚА ғылыми-әдістемелік жұмыс жөніндегі проректоры болып жұмыс істеді. Сол жылы Ә.А.Құсайынов ҚР-да оның бастамасы бойынша жаңадан құрылған Қазақ-Америка университетінің (ҚАУ) Президенті болып сайланды, ол Қазақстанда алғаш рет АҚШ университеттерінің білім беру стандарттарына сәйкес ағылшын тілінде жоғары білім (бакалавр және магистр) алуға мүмкіндік берді.
2000 жылдың қаңтарында Қазақ мемлекеттік сәулет-құрылыс академиясының ректоры болып тағайындалды, ал 2002 жылдан бастап Қазақ бас сәулет-құрылыс академиясының (ҚазБСҚА) президенті болды. 2020 жылдан – ҚазБСҚА-ның құрметті президенті.
1995-97 жылдары Қазақстан Республикасының Министрлер Кабинетінде ішкі саясат бөлімі меңгерушісінің орынбасары лауазымында жұмыс істеді, онда білім берудің барлық мәселелеріне жетекшілік етті. Сол жылдары ҚР Министрлер Кабинеті жанындағы мемлекеттік аттестаттау комиссиясы президиумының мүшесі болды, ЮНЕСКО сарапшысы және Еуропалық білім беру қорының кіші тобының төрағасы болып жұмыс істеді. Ә.А.Құсайыновтың басшылығымен Қазақстан Республикасында білім беру саласында 43 заңнамалық-нормативтік құжат дайындалып, шығарылды.
Әмірлан Айдарбекұлы сол кездегі Қазақстандағы жоғары білімді реформалаудағы ЖОО-ларды ірілендіру, кредиттік білім беру жүйесі, ЖОО-ларды кредиттік қаржыландырудың жаңа тетігі, Еуразиялық университеттің тұжырымдамасы, Қазақстанда американдық және еуропалық білім беру бағдарламаларын енгізу сынды бірқатар жаңа бағыттардың негізін қалады.
